Das zweite U-Boot vom Typ Otsu-Gata B3 wurde im Juni 1944 in Dienst gestellt. I-56 nahm an der Verteidigung der Philippinen teil und nahm an der Schlacht im Golf von Leyte teil, bei der es beschädigt wurde. 1944 wurde es in einen Kaiten-Torpedoträger umgebaut. I-56 ging im Verlauf der Schlacht um Okinawa verloren und die Umstände ihres Untergangs sind unbekannt.