Le deuxième sous-marin Otsu-Gata de type B3 fut mis en service en juin 1944. Le I-56 participa à la défense des îles Philippines et fut engagé dans la bataille du golfe de Leyte, au cours de laquelle il fut endommagé. En 1944, il fut converti en porte-torpilles Kaiten. Le I-56 fut perdu au cours de la bataille dOkinawa, et les circonstances de sa perte restent inconnues.