El segundo submarino Otsu-Gata Tipo B3 fue puesto en servicio en junio de 1944. El I-56 participó en la defensa de las Islas Filipinas y participó en la Batalla del Golfo de Leyte, durante la cual sufrió daños. En 1944, fue convertido en un portatorpedos Kaiten. El I-56 se perdió en el transcurso de la Batalla de Okinawa y las circunstancias de su pérdida siguen siendo desconocidas.